一九五六年七月，由福特基金会捐建的农圃道第一期校舍建成并迁入。校园占地四万余方尺。校舍建筑之一为五层大楼一座，设有教室、实验室、临时礼堂及学生宿舍；另一座为图书馆，设有书库、阅读室及办公室；而第三座为圆亭，设演讲室及自然科学教室。

一九五七年，艺术专科课程成立，其后于一九五九年获雅礼协会资助设立艺术系；一九五八年雅礼驻新亚代表罗维德先生（Rev. Dr. Sidney Lovett）推动成立理学院，于一九六○年设数学、生物两系，翌年加设物理及化学两系。

一九五九年秋，新亚院长改称为校长。同年，接受香港政府的建议，改为专上学院，参加统一文凭考试，同时接受香港政府的补助费。

一九六三年农圃道第二、三期校舍全部落成，有六层教学楼一座及礼堂一座，全部建筑费由雅礼协会及香港政府拨助。是时，新亚的各项设施及学院架构都渐臻完善。文学院有中国文学系、历史系、哲学系、英语文学系及艺术系；理学院有数学系、生物系、物理系及化学系；商学及社会科学学院有经济系、会计财务系、工商管理系、新闻系及社会系。三院合共十四系。同年与雅礼协会合办新雅语文研习所。

一九六三年，香港中文大学成立，新亚书院成为成员书院之一。