新亞書院創立於一九四九年，為已故錢穆先生及一群來自內地之學者，在極艱難窮困的環境中所創辦，其目的在上溯宋明書院講學精神，旁採西歐大學導師制度，以人文主義之教育宗旨，溝通東西文化，為人類和平、社會幸福謀前途。

1949:

錢穆先生等中國大陸學者南來香港，十月創辦亞洲文商專科夜校，租用佐敦偉晴街華南中學三間課室上課，開有錢穆先生的中國通史、唐君毅先生的哲學概論、張丕介先生的經濟學、崔書琴先生的政治學等科目，並在附近砲台街租樓設學生宿舍。

1950:

幸得王岳峯先生的慷慨相助，在教育司署立案為日校，亞洲文商專科夜校改為日校，易名新亞書院，錢穆先生任校長、唐君毅、張丕介兩先生分別任教務長、總務長，租用深水埗桂林街61、63、65號三、四樓為校舍。書院初設文史、哲學教育、經濟、商學、新聞社會、農學六系。新亞早年的教授，不乏享負盛名的學者，如曾為國民政府教育部高教司司長的吳俊升先生，是美國著名哲學家和教育家杜威（John Dewey, 1859-1952）的學生；教經濟的楊汝梅先生早已譽滿大陸金融界。書法家曾克耑、歷史學家左舜生、甲骨文專家董作賓、文學家夏濟安、國學家饒宗頤、羅香林等諸先生皆曾在新亞任教。然而，新亞教授所領的薪酬極為微薄，僅及當時香港官立小學第二級以下的薪給。

學生們大多為大陸流亡來港的青年，繳不出學費。書院當時創行工讀制，一些學生被派負責校中雜務，獲少許津貼，也獲在校食宿。學校的物質條件雖極貧乏，但各位創辦人所懷抱的理想與熱情卻極熾盛，而「艱險奮進，困乏多情」的新亞精神也是在當時建立的。

書院除了正規課程外，又每星期日晚舉行公開文化講座，每次講座俱座無虛席。文化講座持續了四、五年，共舉辦了155次。講者除錢、唐、張三位創辦人，其他知名的學者有董作賓、夏濟安、左舜生、林仰山、饒宗頤諸教授等，也有西方著名學者蒞校演講，免費招待聽講，每次講座俱座無虛席。因此，這所簡陋的小書院從此聲名遠播，漸漸獲得各方面的推崇。

1950 – 53:

新亞經濟最困難的階段，由於王岳峯先生的企業受到致命打擊，無法繼續支持新亞，經費來源斷絕。新亞當時從學生所收到的學費，只佔書院總開支的百分之二十，遠不足夠。一方面錢校長到台籌募捐助，一方面教師暫緩領薪酬，四處張羅。1950年冬，錢先生赴台北募款見當時國民政府的蔣介石總統，得蔣答應自總統府辦公費中節省，每月支持新亞3,000元。張丕介先生及唐君毅先生等，則勤於撰稿，拿稿費以補助書院，以至張丕介先生把夫人的首飾典當以支持新亞。

1952:

新亞董事會成立，大律師趙冰先生任董事長及法律顧問。同年香港政府通令全港九私立學校必須到工商署辦理「有限公司」的商業登記。當時新亞同仁以新亞辦學宗旨豈為牟利，咸表反對。趙冰董事長向政府爭取豁免，經近一年的努力，終獲批准，承認新亞書院為不牟利的私立學校。

1953:

雅禮協會派盧鼎教授來港。他極贊同新亞的教育理想，翌年開始與新亞合作。

1953 – 54:

在九龍太子道成立研究所，以及在九龍城嘉林邊道林另租校舍，學生分於嘉林邊道及桂林街兩處上課。

1954:

美國雅禮協會與新亞書院開展合作，前後亦得到亞洲基金會、哈佛燕京學社、洛克斐勒基金會等機構援助。