新亚书院创立于一九四九年，为已故钱穆先生及一群来自内地之学者，在极艰难穷困的环境中所创办，其目的在上溯宋明书院讲学精神，旁采西欧大学导师制度，以人文主义之教育宗旨，沟通东西文化，为人类和平、社会幸福谋前途。

1949:

钱穆先生等中国大陆学者南来香港，十月创办亚洲文商专科夜校，租用佐敦伟晴街华南中学三间课室上课，开有钱穆先生的中国通史、唐君毅先生的哲学概论、张丕介先生的经济学、崔书琴先生的政治学等科目，并在附近炮台街租楼设学生宿舍。

1950:

幸得王岳峯先生的慷慨相助，在教育司署立案为日校，亚洲文商专科夜校改为日校，易名新亚书院，钱穆先生任校长、唐君毅、张丕介两先生分别任教务长、总务长，租用深水埗桂林街61、63、65号三、四楼为校舍。书院初设文史、哲学教育、经济、商学、新闻社会、农学六系。新亚早年的教授，不乏享负盛名的学者，如曾为国民政府教育部高教司司长的吴俊升先生，是美国著名哲学家和教育家杜威（John Dewey, 1859-1952）的学生；教经济的杨汝梅先生早已誉满大陆金融界。书法家曾克端、历史学家左舜生、甲骨文专家董作宾、文学家夏济安、国学家饶宗颐、罗香林等诸先生皆曾在新亚任教。然而，新亚教授所领的薪酬极为微薄，仅及当时香港官立小学第二级以下的薪给。

学生们大多为大陆流亡来港的青年，缴不出学费。书院当时创行工读制，一些学生被派负责校中杂务，获少许津贴，也获在校食宿。学校的物质条件虽极贫乏，但各位创办人所怀抱的理想与热情却极炽盛，而「艰险奋进，困乏多情」的新亚精神也是在当时建立的。

书院除了正规课程外，又每星期日晚举行公开文化讲座，每次讲座俱座无虚席。文化讲座持续了四、五年，共举办了155次。讲者除钱、唐、张三位创办人，其他知名的学者有董作宾、夏济安、左舜生、林仰山、饶宗颐诸教授等，也有西方著名学者莅校演讲，免费招待听讲，每次讲座俱座无虚席。因此，这所简陋的小书院从此声名远播，渐渐获得各方面的推崇。

1950 – 53:

新亚经济最困难的阶段，由于王岳峯先生的企业受到致命打击，无法继续支持新亚，经费来源断绝。新亚当时从学生所收到的学费，只占书院总开支的百分之二十，远不足够。一方面钱校长到台筹募捐助，一方面教师暂缓领薪酬，四处张罗。1950年冬，钱先生赴台北募款见当时国民政府的蒋介石总统，得蒋答应自总统府办公费中节省，每月支持新亚3,000元。张丕介先生及唐君毅先生等，则勤于撰稿，拿稿费以补助书院，以至张丕介先生把夫人的首饰典当以支持新亚。

1952:

新亚董事会成立，大律师赵冰先生任董事长及法律顾问。同年香港政府通令全港九私立学校必须到工商署办理「有限公司」的商业登记。当时新亚同仁以新亚办学宗旨岂为牟利，咸表反对。赵冰董事长向政府争取豁免，经近一年的努力，终获批准，承认新亚书院为不牟利的私立学校。

1953:

雅礼协会派卢鼎教授来港。他极赞同新亚的教育理想，翌年开始与新亚合作。

1953 – 54:

在九龙太子道成立研究所，以及在九龙城嘉林边道林另租校舍，学生分于嘉林边道及桂林街两处上课。

1954:

美国雅礼协会与新亚书院开展合作，前后亦得到亚洲基金会、哈佛燕京学社、洛克斐勒基金会等机构援助。