藝術系成立於1957年，初名藝術專修科，原是新亞書院於農圃道時代創設的兩年制藝術課程，後於1959年發展為四年制本科課程。1963年香港中文大學成立，新亞書院為成員書院之一，藝術系成為香港第一個提供視覺藝術專上教育的學系。藝術系以「發揚中國傳統文化，溝通中西藝術」為創系使命。本系成立初期，旨在培育具通識涵養的藝術人才，力求兼顧藝術理論、藝術實習和文、史、哲的訓練。在新亞書院校長錢穆先生和早期各系主任的努力下，邀得丁衍庸、張寒碧、周士心等多位名家任教，為藝術系的學術傳統奠下堅實基礎。此後，藝術系因應社會和大學整體發展，在歷屆系主任的帶領下，建立藝術創作與藝術史兼備的全面課程，並逐步設立中國藝術哲學碩士/博士、藝術碩士和藝術文學碩士(兼讀)等研究院課程，成為香港培訓文化藝術人才的重鎮。
1957年，新亞書院創設兩年制藝術專修科，分國畫、西畫二組。
1959年，新亞書院增設藝術系，藝術專修科發展成為四年制本科課程。
1963年，香港中文大學成立，新亞書院為成員書院之一。
1972年，劉國松先生獲任為藝術系系主任。
1973年，藝術系隨新亞書院遷入中文大學沙田校舍。
1974年，本科課程合併國畫組和西畫組為藝術組，另設藝術史組，旨在提供藝術創作與藝術史兼備的全面課程。
1975年，高美慶博士擔任藝術系系主任。
1977年，屈志仁先生獲任為藝術系系主任。
1981年，高美慶博士再任藝術系系主任。在她的推動下，創設藝術史碩士課程，並於次年邀得國學大師饒宗頤先生為榮譽教授，親自指導研究生。
1984年，張義先生擔任藝術系系主任。
1992年，李潤桓先生獲任為藝術系系主任。新設中國藝術史哲學博士課程。
1993年，增設藝術哲學碩士（藝術創作）課程，課程涵蓋中西不同媒介，藝術系成為香港首個頒授藝術創作碩士學位的大學學系。
2001年，蘇芳淑教授擔任藝術系系主任。在她的領導下，藝術系增設電腦和數碼藝術、現代及後現代主義理論等新專題，務求令藝術創作和藝術史的研習與時代接軌。此外，亦與國內外多所藝術機構合作，包括北京尤倫斯當代藝術中心、澳洲悉尼新南威爾斯美術館和美國維吉尼亞大學藝術系，設立博物館實習、暑期進修、交換生計劃等，為學生提供課堂以外的學習機會。
2003年起，藝術系每年均獲香港藝術發展局資助出版《香港視覺藝術年鑑》，輯錄香港視藝活動資料，並邀約專家學者對重要議題撰文分析。
2008年，莫家良教授獲任為藝術系系主任。
2009年，增設藝術文學碩士兩年兼讀課程，以相容藝術歷史、文化理論和藝術創作為宗旨，為具有藝術基礎知識、銳意拓展和建立個人藝術事業的人士，提供深造平臺。
2017年，韋一空教授獲任為藝術系系主任。
