一九五六年七月，由福特基金會捐建的農圃道第一期校舍建成並遷入。校園佔地四萬餘方尺。校舍建築之一為五層大樓一座，設有教室、實驗室、臨時禮堂及學生宿舍；另一座為圖書館，設有書庫、閱讀室及辦公室；而第三座為圓亭，設演講室及自然科學教室。

一九五七年，藝術專科課程成立，其後於一九五九年獲雅禮協會資助設立藝術系；一九五八年雅禮駐新亞代表羅維德先生（Rev. Dr. Sidney Lovett）推動成立理學院，於一九六○年設數學、生物兩系，翌年加設物理及化學兩系。

一九五九年秋，新亞院長改稱為校長。同年，接受香港政府的建議，改為專上學院，參加統一文憑考試，同時接受香港政府的補助費。

一九六三年農圃道第二、三期校舍全部落成，有六層教學樓一座及禮堂一座，全部建築費由雅禮協會及香港政府撥助。是時，新亞的各項設施及學院架構都漸臻完善。文學院有中國文學系、歷史系、哲學系、英語文學系及藝術系；理學院有數學系、生物系、物理系及化學系；商學及社會科學學院有經濟系、會計財務系、工商管理系、新聞系及社會系。三院合共十四系。同年與雅禮協會合辦新雅語文研習所。

一九六三年，香港中文大學成立，新亞書院成為成員書院之一。