香港中文大學哲學系歷史悠久。早於一九四九年，成員書院新亞書院創辦哲學教育系。兩年後，崇基學院成立，即開設人生哲學一課，並於一九六三年成立宗教知識及哲學學系，及後易名為哲學及宗教學系。二者皆為中大哲學系的前身。一九七七年，大學改制，兩書院之哲學系正式合併，成為中文大學哲學系。
本系早期由知譽於國際、稱重於杏檀的前輩學者唐君毅教授、牟宗三教授、勞思光教授等先生主持教務。在他們的辛勤耕耘下，本系得以秉承深厚的中國人文傳統，發展成國際公認的中國哲學重鎮，其中以新儒學研究的成績最爲顯著。
從七十年代開始，本系邀得自北美歸來的劉述先教授、何秀煌教授等加入。這一代學者洞悉香港處於東亞的地緣優勢，抱著促進中西文化交流的使命感，於羅致人才方面採取相容並蓄的態度，於教學和研究方面，著力於推動中西哲學並重，締造多元和自由的教研環境。