本院教授團隊和研究員進行各種研究項目（並屢獲專項研究經費支持），範圍包括聖經研究（尤包括社會科學和女性主義的進路）、中國基督教、香港基督教、現代神學、基督教倫理、亞洲神學及各種實踐神學領域。同時，本院設立的幾個研究中心從事研究項目、提供短期課程、舉辦研討會、座談會、講座及工作坊等，促進教會、學術界、社會人士更深更廣地認識基督教，及其在本地、地區與全球處境下的多重關係和意義。
