香港中文大學與內地／台灣高等院校新簽署的合作協議如下：
| 日期 | 協議名稱 |
| 30/3/2021 | 香港中文大學與中國政法大學學術交流協議（續簽） |
| 1/4/2021 | 香港中文大學醫學院與廣州中醫藥大學合作協議書 |
| 8/4/2021 | 香港中文大學與寧波大學合作框架協議（續簽） |
| 14/4/2021 | 香港中文大學工商管理學院與深圳市羅湖區人民政府關於推進羅湖區落地香港高端辦學項目合作備忘錄 |
| 28/4/2021 | 香港中文大學醫學院婦產科學系與廣州中山大學愛博恩婦產醫院合作協議書（續簽） |
| 29/4/2021 | 香港中文大學與北京體育大學本科學生交換計劃備忘錄（續簽） |
| 6/5/2021 | 香港中文大學理學院與中山大學地球科學與工程學院學術交流協議 |
| 12/5/2021 | 香港中文大學-中山大學歷史人類學研究中心與北京大學人文社會科學研究院合作備忘錄（續簽） |