新亞書院創立於一九四九年，為已故錢穆先生及一群來自內地之學者，在極艱難窮困的環境中所創辦，其目的在上溯宋明書院講學精神，旁採西歐大學導師制度，以人文主義之教育宗旨，溝通東西文化，為人類和平、社會幸福謀前途。
新亞書院的前身是亞洲文商專科夜校。一九四九年十月十日正式開學，當時並無固定校舍，只租用九龍偉晴街華南中學三課室在夜間上課，校長是錢穆先生。由於每晚上課只有三小時，所以課程都是一些共同必修科。計有錢先生的中國通史、唐君毅先生的哲學概論、張丕介先生的經濟學，崔書琴先生的政治學等。除了偉晴街的教室外，又在附近砲台街租用一層樓作為學生宿舍，錢先生亦在這宿舍內住宿。
亞洲文商專科夜校只辦了半年，劉尚義先生便退出，經濟失去了支持。其時幸得王岳峯先生的慷慨相助，乃得於一九五○年三月在教育司署立案為日校，及改名為新亞書院，租用九龍深水埗桂林街六十一、六十三、六十五號三、四樓為校舍。三樓作辦公室及師生宿舍、四樓作為教室。改組後錢先生仍任校長、唐君毅先生任教務長，以及張丕介先生任總務長。書院就在這貧困情況下誕生。書院初設文史、哲學教育、經濟、商學、新聞社會、農學六系。農學系第一年開設後，因未能設立附屬農場，中途停辦。新聞社會系在第一年開設後，因校舍不敷，亦停辦。文史系系主任由錢穆先生兼任，哲教系系主任由唐君毅先生兼任，經濟學系系主任由張丕介先生兼任，而商學系系主任由楊汝梅先生擔任。
新亞早年的教授，不乏享負盛名的學者，如曾為國民政府教育部高教司司長的吳俊升先生，是美國著名哲學家和教育家杜威（John Dewey, 1859-1952）的學生；教經濟的楊汝梅先生早已譽滿大陸金融界。書法家曾克耑、歷史學家左舜生、甲骨文專家董作賓、國學家饒宗頤、羅香林，等諸先生皆曾在新亞任教。然而新亞教授所領的薪酬極為微薄，僅及當時香港官立小學第二級以下的薪給，而且經常領不到薪水。學生們大多為大陸流亡來港的青年，繳不出學費。除了註冊生外，還有試讀生及旁聽生。學生有營養不良，以致患病的。當時書院也要照顧這些學生：或減免學費，以至為找醫生治療；書院不僱用工人，創行工讀制，一些學生被派負責校中雜務，獲少許津貼，也獲在校食宿。不少學生在學校天台上露宿。學校的物質條件雖極貧乏，但各位創辦人所懷抱的理想與熱情卻極熾盛，而「艱險奮進，困乏多情」的新亞精神也是在當時建立的，也最能表現在當年的師生身上。書院除了正規課程外，又每星期日晚舉行公開文化講座，每次講座俱座無虛席。文化講座持續了四、五年，共舉辦了一百五十五次。講者除錢、唐、張三位創辦人，其他知名的學者有董作賓、夏濟安、左舜生、林仰山、饒宗頤諸教授等，也有西方著名學者蒞校演講。因此這所簡陋的小書院從此聲名遠播，漸漸獲得各方面的推崇。
由一九五○年開辦至一九五三年，是新亞經濟最困難的階段。開學個多月後，王岳峯先生的企業受到致命打擊，無法繼續支持新亞，經費來源斷絕。新亞當時從學生所收到的學費，只佔書院總開支的百分之二十，遠不足夠，只好如張丕介先生所形容的，學習「武訓」要有行乞辦學之精神。一方面錢校長到台籌募捐助，一方面教師暫緩領薪酬，四處張羅。一九五○年冬，錢先生赴台北募款見當時國民政府的蔣介石總統，得蔣答應自總統府辦公費中節省，每月支持新亞三千元。張丕介先生及唐君毅先生等，則勤於撰稿，拿稿費以補助書院，以至張丕介先生把夫人的首飾典當以支持新亞。
一九五二年七月七日，新亞董事會成立，大律師趙冰先生任董事長及法律顧問。同年香港政府通令全港九私立學校必須到工商署辦理「有限公司」的商業登記。當時新亞同仁以新亞辦學宗旨豈為牟利，咸表反對。趙冰董事長向香港政府爭取豁免，經近一年的努力，終於獲香港政府批准，承認新亞書院為一純正的教育事業，為不牟利的私立學校。
自一九五二年以後，新亞的教育理想漸獲社會的同情與贊助。其中贊助最有力的是美國雅禮協會。一九五三年，雅禮協會派盧鼎教授來港。他極贊同新亞的教育理想，乃於一九五四年開始與新亞合作。除美國雅禮協會外，還有亞洲基金會、哈佛燕京學社、洛克斐勒基金會、英國文化協會及香港孟氏教育基金會等，都曾對新亞書院的發展提供資助。新亞自獲各方援助後，乃於一九五三年秋在九龍太子道成立研究所，購置圖書。翌年，在九龍城嘉林邊道租一校舍，學生分於嘉林邊道及桂林街兩處上課。一九五六年，獲美國福特基金會捐建的農圃道第一期校舍落成，九月，遷入新校址，於是新亞踏入一新階段。新亞第二期校舍於一九六○年十一月落成，建築費全由雅禮協會捐贈。自第二期校舍建成，才得以擴設理學院；第三期校舍落成於一九六三年四月，建築費由香港政府撥助。自此期校舍落成，新亞始有大禮堂。
一九五九年，新亞接受香港政府的建議，改為專上學院，參加統一文憑考試，同時接受香港政府的補助。一九六三年，香港中文大學成立，由崇基學院、新亞書院、聯合書院組成。新亞成為成員書院，一九七三年遷入沙田馬料水的香港中文大學以迄至今。
至於學生的課外活動則由學生會及其屬會自由組織，由新亞書院津貼經費如新亞國樂會（成立於一九六三年）、新亞國術會（成立於一九七九年）等。新亞的學生人數也不斷增加，由一九四九年的四十二人，至目前的三千多人，此可反映新亞書院的發展的一斑。.