本院成立至今，竭力以本地關懷出發，匯通中西神學學術，讓師生、牧者等接觸多元傳統，建立全球視野，致力於與國內外學術機構建立常設夥伴及交流平台。
於成立早年，本院已與亞洲地區之神學院，如新加坡三一神學院、台南神學院等，建立了密切的夥伴關係。此外，作為東南亞神學教育協會之會員，並該會東南亞神學研究院香港分院之成員學院，本院與十六個亞洲地區及國家共一百零四所神學訓練院校在神學培育上有緊密的合作。自一九九八年，本院開始與緬甸的神學院分享教學資源，透過緬甸神學教育協會（ATEM）及緬甸循道衛理神學院（MTC，獲英國循道公會支持），培訓緬甸各神學院之老師。
近十年，本院又進一步加強與西方神學院之合作，例如由一九九九年至二〇〇六年，本院與英國牛津之威斯敏特學院（Westminster College）合作提供遙距課程，畢業生獲牛津大學頒發神學學士（BTh (Oxon)）。其後威斯敏特學院加盟牛津布魯克大學（Oxford Brookes University），此課程亦同時提供由該大學頒發之文學士主修神學（榮譽）學位（BA (Hon) in Theology）的課程。於二〇〇四年、二〇〇七年及二〇〇九年，本院分別為美國波士頓安杜化牛頓神學院（Andover Newton Theological School）、美國柏克萊聯合神學研究院（Graduate Theological Union, Berkeley）及美國南衛理大學之柏金斯神學院（Perkins School of Theology at Southern Methodist University）提供實地考察課程。自二〇一〇起，本院與耶魯大學神學院設立交流計劃。
以下是本院目前與國內外學術機構之常設夥伴及交流項目：
武漢大學
- 武漢大學（下稱「武大」）每學年可選派一名學生到本院交流學習一學期至兩學期。
- 本院負責該生在香港所有的學費、住宿費和生活費；
- 為武大宗教學系本科或碩士畢業生，每年可提供文學碩士（基督教研究）名額最多三個，主修聖經研究，其中最少兩名研究新約聖經，本院負責三名學生在香港所有的學費、住宿和生活費。該等學生成績優秀者，可繼續在本院或武大攻讀更高學位；
- 與武大教師在聖經研究與基督教神學方面進行教學與研究的交流，雙方可邀請對方教師參與教學、演講、研究及出版等工作。
河南大學
- 河南大學可隔年選派聖經研究之博士生來本院，作為期一學期至兩學期的研究學習；
- 本院一直在財政上支持《聖經文學研究》並派出老師參與編輯委員會的工作。
韓信大學
The Graduate School of Theology, Hanshin University
- 老師互訪及交流；
- 在出版及研究方面合作；
- 為學者互訪提供住宿；
- 學生交流學習。
蘇黎世大學
University of Zurich
- 促進兩校的教師和博士生交流互訪；
- 合辦學術會議、講座和研討會，促進學術交流；
- 發展共同研究計劃和其他學術活動，以達致以上目標。
長榮大學神學院
每年雙方可派學生作一學期或一學年的交流學習。
英國劍橋神學聯盟
Cambridge Theological Federation
英國劍橋神學聯盟（Cambridge Theological Federation）與英國Anglia Ruskin University（簡稱ARU）合辦實踐神學專業博士課程（Professional Doctorate in Practical Theology），本院是本地的合作單位，提供學習資源和導師，學位由ARU頒發。
杜克大學神學院
Duke University Divinity School
每年雙方可派學生作一學期或一學年的交流學習。
亞洲基督教高等教育聯合董事會
United Board for Christian Higher Education in Asia
每年為參加「亞洲文化與神學高級研修班（Institute for Advanced Study in Asian Cultures and Theology, IASACT）」的亞洲學者提供住宿及研究資源，並促進他們與本院及本地學者交流。自2014-15年起，本院負責舉行此研修班，由亞洲基督教高等教育聯合董事會提供經費。
耶魯大學神學院
Yale Divinity School
- 每年雙方可派學生作一學期或一學年的交流學習；
- 亦設有老師的交流計劃；
- 本院每年可推薦兩至三位博士生參與交流計劃（PhD Research Scholar Programme）。