本院雖附設於香港中文大學，但卻不獲香港政府大學教育資助委員會的資助撥款，主要經費來源包括：
- 崇基學院校董會撥款；
- 支持本院的四個宗派的撥款；
- 其他教會、社會人士及校友捐獻及撥款；
- 學費收入；
- 學基金及專款利息等；
- 海外人士或機構的捐助。
近年，我們正全力為以下三方面的事工籌募經費：
- 為本院增聘老師而設的「崇基神學教育基金」；
- 為有志回應時代而修讀全時間神學學位課程的本地青年基督徒而設的「時機青年神學教育獎學金」；
- 為在本院修讀學位課程的中國內地神學生提供的助學金。
此外，我們還有以下項目需要各界支持：
- 老師薪津
- 經常費
- 崇基神學交流專款
- 教牧事工部經費
- 使命實踐支援計劃
- 研究及出版事工
- 獎助學金
- 當代基督宗教教學資源中心
- 優化神學樓
- 李建真先生聖樂專款
本院為上主一直的供應及保守獻上感恩，亦憑信心仰望前路。我們需要您的支持，如有任何查詢，請與院長葉菁華教授聯絡。
如蒙捐獻，劃線支票請抬頭「崇基學院」（ “The Trustees of Chung Chi College”）。奉獻港幣一百元以上可獲發收據作免稅用途。
請在禱告中記念本院。