崇基學院神學院之基本教育目的有三：（一）培育學生發展健全之人格，（二）充實學生之知識與靈性修養，使其能發揚基督精神，服務教會與社會，（三）提高神學研究工作水平，使神學能與其他學科交流，以促進香港，內地及海外華人社會的知識與文化之發展，並與亞洲及世界各地之神學研究接軌。
本院乃現時各地華人公立大學中唯一的神學院，故除了訓練教牧人才外，亦為提高信徒的神學質素而努力；崇基學院神學院既著重學術訓練，亦重視屬靈氣質之培養；既著重群體生活，亦強調個人獨立思考及自律之重要。本院不屬於任何一個宗派，乃由公理宗、長老宗、改革宗、信義宗、聖公宗、五旬宗、循道衛理宗神學傳統之教會支持，故對神學之研究採普及與開放態度，兼顧各家所長，並以聖經為信徒信仰及生活之主要權威。研經則採歷史、社會、文學等分析法，旨在協助學生研究聖經之真義，加強對上帝真道之信服，並重新瞭解聖經對時代及教會之信息。本院絕不強求學生接納任何指定之神學立場，只鼓勵各學生按照聖經、教會傳統、屬靈經歷和理性原則去建立各自之神學立場及事奉模式，並以最高之學術水準加以發揚光大。本院相信「彼此接納，互採所長」是為群體生活及優良學術水準之先決條件。
本院重視學生之全人教育，故對學生之靈性及學術之修養，人生態度及社會意識方面之培育，均極關懷。各種神學研究，學術探討，均以協助學生履行「上帝的使命」為目的。牧職之實習訓練與知識探求以及靈性修養，俱同受重視；近年更致力結合臨床牧關教育與神學教育之訓練模式，使神學理論與實踐得以結合。
本院要求所有全時間攻讀之單身學生住宿於神學樓，並設有家庭宿舍供已婚學生居住，以增強學生在群體生活中彼此學習及提供深入生命交流的機會，然而本院對學生之活動空間並無作出限制，各學生只需自律及在尊重他人之權利的原則下安排自己之生活方式。只要符合有關學系之要求，香港中文大學開設之科目，本院學生均可選修或旁聽，並可使用香港中文大學提供予學生之設施，使本院學生能在廣闊的校園與學術環境中，接觸各類知識和不同科系之老師與同學，開闊眼光，受訓練成合符時代需要的人才。