艺术系成立于1957年，初名艺术专修科，原是新亚书院于农圃道时代创设的两年制艺术课程，后于1959年发展为四年制本科课程。1963年香港中文大学成立，新亚书院为成员书院之一，艺术系成为香港第一个提供视觉艺术专上教育的学系。 艺术系以「发扬中国传统文化，沟通中西艺术」为创系使命，其系徽的图案，是取材于《十钟山房印举》所载的一个汉代鹿形的肖形印。鹿象征温驯、和平、灵敏、坚强、合群，与艺术上的三大目的「真」、「善」、「美」相互共鸣，亦道出人在行为、学术上须辨别是非、真伪、优劣，从而有择善而固执的精神。这精神，和孔子说的「君子志于道、据于德、依于仁、游于艺」一贯相合而不背驰。 本系成立初期，旨在培育具通识涵养的艺术人才，力求兼顾艺术理论、艺术实习和文、史、哲的训练。在新亚书院校长钱穆先生和早期各系主任的努力下，邀得丁衍庸、张碧寒、周士心等多位名家任教，为艺术系的学术传统奠下坚实基础。七十年代初，艺术系迁入中文大学沙田校舍。此后，艺术系因应社会和大学整体发展，在历届系主任的带领下，建立艺术创作与艺术史兼备的全面课程，并逐步设立艺术史硕士、中国艺术史哲学博士、艺术哲学硕士(艺术创作)和艺术文学硕士(兼读)等研究院课程，成为香港培训文化艺术人才的重镇。
1957年，新亚书院创设两年制艺术专修科，分国画、西画二组。
1959年，新亚书院增设艺术系，艺术专修科发展成为四年制本科课程。
1963年，香港中文大学成立，新亚书院为成员书院之一。
1972年，刘国松先生获任为艺术系系主任。
1973年，艺术系随新亚书院迁入中文大学沙田校舍。
1974年，本科课程合并国画组和西画组为艺术组，另设艺术史组，旨在提供艺术创作与艺术史兼备的全面课程。
1975年，高美庆博士担任艺术系系主任。
1977年，屈志仁先生获任为艺术系系主任。
1981年，高美庆博士再任艺术系系主任。在她的推动下，创设艺术史硕士课程，并于次年邀得国学大师饶宗颐先生为荣誉教授，亲自指导研究生。
1984年，张义先生担任艺术系系主任。
1992年，李润桓先生获任为艺术系系主任。新设中国艺术史哲学博士课程。
1993年，增设艺术哲学硕士（艺术创作）课程，课程涵盖中西不同媒介，艺术系成为香港首个颁授艺术创作硕士学位的大学学系。
2001年，苏芳淑教授担任艺术系系主任。在她的领导下，艺术系增设计算机和数码艺术、现代及后现代主义理论等新专题，务求令艺术创作和艺术史的研习与时代接轨。此外，亦与国内外多所艺术机构合作，包括北京尤伦斯当代艺术中心、澳洲悉尼新南韦尔斯美术馆和美国弗吉尼亚大学艺术系，设立博物馆实习、暑期进修、交换生计划等，为学生提供课堂以外的学习机会。
2003年起，艺术系每年均获香港艺术发展局资助出版《香港视觉艺术年鉴》，辑录香港视艺活动资料，并邀约专家学者对重要议题撰文分析。
2008年，莫家良教授获任为艺术系系主任。
2009年，增设艺术文学硕士两年兼读课程，以相容艺术历史、文化理论和艺术创作为宗旨，为具有艺术基础知识、锐意拓展和建立个人艺术事业的人士，提供深造平台。
2017年，韦一空教授获任为艺术系系主任。
