香港中文大學與內地/台灣高等院校新簽署的合作協議如下：
| 日期 | 協議名稱 |
| 15/7/2021 | 中山大學、暨南大學、香港大學、香港中文大學、香港理工大學、香港城市大學、香港浸會大學、香港科技大學、嶺南大學、香港教育大學、澳門大學和澳門理工學院關於組建粵港澳高校智慧校園聯盟協議 |
| 22/7/2021 | 台灣政治大學商學院與香港中文大學商學院學生交流備忘錄（續簽） |
| 2/8/2021 | 香港中文大學工程學院與浙江大學國際聯合商學院碩士課程聯合培養合作協議 |
| 24/8/2021 | 台灣大學理學院與香港中文大學理學院學生交流備忘錄（續簽） |
| 30/8/2021 | 香港中文大學生命科學學院與福建農林大學生命科學學院學術交流與合作協議書（續簽） |
| 30/8/2021 | 香港中文大學生命科學學院與福建農林大學農學院學術交流與合作協議書（續簽） |
| 8/9/2021 | 香港中文大學與山東大學策略發展及學術研究合作協議 |
| 20/10/2021 | 香港中文大學與之江實驗室戰略合作框架協議 |