中医学院一直致力于中医药的基础、应用与临床研究，以不断提升中医药的科学水平及推动中医药现代化。学院设有多个功能齐备的现代化实验室，并拥有众多经验丰富的研究学者，其研究范围涉及中医药对多种病种，包括神经退行性疾病、癌症、尘肺病、肌肉骨骼疾病等方面的研究。学院积极与国内外多间院校及企业合作，例如与香港生物技术研究所、绿养坊等共同研发健康食品补充剂及中药保健品，而本院第一个成功研发的成果是「三冬茶」。学院还致力于中药材标准化和控制质量的研究，为中药材的鉴定及安全性提供测试服务。

此外，学院亦将「中医辨证论治体系理论与临床研究」定为研究方向之一，院内成立了「传统中医理论研究基金」，旨在促进传统中医理论与临床研究发展，鼓励以文献及理论研究为研究方法，提升院内研究水平。

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