崇基学院神学院之基本教育目的有三：（一）培育学生发展健全之人格，（二）充实学生之知识与灵性修养，使其能发扬基督精神，服务教会与社会，（三）提高神学研究工作水平，使神学能与其他学科交流，以促进香港，内地及海外华人社会的知识与文化之发展，并与亚洲及世界各地之神学研究接轨。
本院乃现时各地华人公立大学中唯一的神学院，故除了训练教牧人才外，亦为提高信徒的神学质素而努力；崇基学院神学院既著重学术训练，亦重视属灵气质之培养；既著重群体生活，亦强调个人独立思考及自律之重要。本院不属于任何一个宗派，乃由公理宗、长老宗、改革宗、信义宗、圣公宗、五旬宗、循道卫理宗神学传统之教会支持，故对神学之研究采普及与开放态度，兼顾各家所长，并以圣经为信徒信仰及生活之主要权威。研经则采历史、社会、文学等分析法，旨在协助学生研究圣经之真义，加强对上帝真道之信服，并重新了解圣经对时代及教会之信息。本院绝不强求学生接纳任何指定之神学立场，只鼓励各学生按照圣经、教会传统、属灵经历和理性原则去建立各自之神学立场及事奉模式，并以最高之学术水准加以发扬光大。本院相信「彼此接纳，互采所长」是为群体生活及优良学术水准之先决条件。
本院重视学生之全人教育，故对学生之灵性及学术之修养，人生态度及社会意识方面之培育，均极关怀。各种神学研究，学术探讨，均以协助学生履行「上帝的使命」为目的。牧职之实习训练与知识探求以及灵性修养，俱同受重视；近年更致力结合临床牧关教育与神学教育之训练模式，使神学理论与实践得以结合。
本院要求所有全时间攻读之单身学生住宿于神学楼，并设有家庭宿舍供已婚学生居住，以增强学生在群体生活中彼此学习及提供深入生命交流的机会，然而本院对学生之活动空间并无作出限制，各学生只需自律及在尊重他人之权利的原则下安排自己之生活方式。只要符合有关学系之要求，香港中文大学开设之科目，本院学生均可选修或旁听，并可使用香港中文大学提供予学生之设施，使本院学生能在广阔的校园与学术环境中，接触各类知识和不同科系之老师与同学，开阔眼光，受训练成合符时代需要的人才。