就讀於崇基學院神學院的大部份同學，皆獲所屬宗派或堂會財政支持；攻讀香港中文大學學位之同學除可申請政府貸款外（詳參香港特別行政區政府學生資助處），哲學碩士及哲學博士之研究生更可申請擔任研究助理之工作。
另崇基學院神學院亦獲得中華基督教會香港區會、崇真會救恩堂、美京中華基督教會、聖公會聖多馬堂、聖十架堂、多位校友及支持崇基學院神學院之主內同道捐出獎助學金多項，除部份用作資助經濟上有困難之同學外，亦用作獎勵同學在牧養、事奉、服務、教會合一、群體生活、課外活動、學業靈命等各方面有突出表現之同學，亦有特別資助同學往北美實習及鼓勵女同學接受牧職之獎學金。
男女各一名，獲同學選為最具牧者心腸者。
獎予一名最具牧者心腸同學。
攻讀全時間制神學課程，修業滿一年或以上，獲崇基學院神學院教員會推薦者。
品學兼優。
學業及靈命、承擔及投入方面均有傑出表現之學生。
資助準備在內地事奉之內地學生到本院攻讀碩士或以上課程。
品學兼優而畢業後願意在香港或內地擔任牧職。
給予在教會合一、信徒合一事奉上有積極表現，或對教會合一有特殊負擔的一位同學。
獎予一位在教牧科表現之優異的同學。
獎予攻讀第一個神學學位之學士或碩士學位者，而該生畢業時年齡超過四十歲（以神學日為準）。
努力學習，積極參與群體生活及其他課外活動。
頒予本年度畢業論文成績最佳之同學。
頒予文化及宗教研究系一或數名過去數年成績最優異而品行良好之結業同學。
各系每級於過去一年成績最優秀之同學。
一位願意在畢業後全職事奉而在學業及參予群體生活方面有良好表現之同學，財政上有需要者優先考慮。
獎予具敬虔與愛心，並於日常講道及教會事奉有優良表現的神學生。
頒予一至兩位神學生，願於畢業後作傳道委身事奉。
一位學習認真並積極投入校園生活，有經濟需要者而非宗派教會支持之神學生。
一位對崇基學院及崇基學院神學院之活動，積極參與並有經濟需要，有志於畢業後而從事神職工作者。
學業成績良好，平均積點不低於2.7而財政有缺欠之神學生，得獎者需於畢業後全職事奉不少於兩年。
獎予非一年級或畢業班而學業成績優異、具領袖才能及有發展潛質之本科生，該名學生並有機會獲續發獎學金一年。須由老師提名，然後再經崇基學院之委員會面試後選出。
一位有經濟需要的同學，但成績平均積點需達2.5或以上。
一位在學業、靈命及牧會心志上均表現優異的同學。
一至兩位在攻讀院牧課程取得優異成績，並願意畢業後參與院牧或教牧事奉者。
一位畢業論文（範圍：系統神學／基督教教育）成績最佳者。
在北美暑期實習之旅費津貼。
頒予在中國基督教及相關科目表現出色之學生。
資助於本院就讀長期及短期課程之學生，及參加本院舉辦之學術會議之學者。
成績優異而又有志服侍弱勢社群或關心癮好者事工的神學生。
獎予一位聖經科表現優異同學。
獎予一位內地同學，在品格、學業、事奉心志及參與神學院生活皆有良好表現者。
獎予一位畢業後委身海外宣教學生和一位宣教科目成續優異學生。
成績優異、具委身心志及畢業後願意回國內教會事奉的中國內地同學。
獎予三位優秀畢業論文同學，研究範圍：基督教與中國亞洲宗教、文化之關係。
獎予一位教會歷史科表現優異同學。
獎予一位積極參與崇拜及聖樂事奉之優異生。
獎予一位修讀有關靈修科目成績優異或推動靈修活動有卓越表現之學生。
資助校友在本院進修。
鼓勵具奉獻心志的香港青年基督徒接受全時間神學訓練，資助入讀本院神道學碩士或神道學學士課程。
獎予一位積極參與促進香港社會公義行動或撰寫有關本地社會公義議題的學術文章之學生。
獎勵一位講道學科上之優異表現同學及舉辦釋經講道研討會，或添購有關推動講道學研究的書刊或資訊產品。
獎予一位學業成績優異，具備多元恩賜（如：語言、音樂等）並積極以其恩賜服侍教會及人群之學生。
獎予一位學業成績優異，在多方面顯出領袖才華，並於其教會或實習教會得到高度評價之學生。
（一）對象為在本院就讀神道學碩士、神道學學士的中國內地學生。在學期間成績優異、投入神學院群體生活、具委身心志及畢業後回國內教會參與牧職事奉；或
（二）對象為在本院就讀的神學碩士或神學博士的中國內地學生。在學期間成績優異、投入神學院群體生活、具委身心志及畢業後願意回國內參與神學院校事奉，訓練牧職同工。
鼓勵全時間進修神學同學，有經濟需要，由崇基學院神學院教員會推薦。
資助在崇基學院神學院就讀的中國內地神學生，必需修讀神道學學士、神道學碩士、教牧學碩士、神學碩士或神學博士學位課程全時間學生，受助人必需遞交內地教會或神學院推薦信，確定該單位要求受助人於完成神學院學業後儘快回到該單位服事。