隸屬文學院的四所研究中心：
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人文學科研究所
1991年成立的人文學科研究所，旨在促進跨部門及跨院校的交流。其轄下的七個研究中心，是歷史、哲學、文化、宗教及人文價值等領域跨學科教研工作的知識交流平台。
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宗教倫理與中國文化研究中心
廣東中博佛文化傳播研究院與香港中文大學攜手合作，在文學院下成立宗教倫理與中國文化研究中心，作為一個聚焦中國文化處境下宗教倫理議題的跨學科及比較研究之樞紐。
中心主要活動包括開展相關學術研究、籌辦國際研討會以及舉辦公開講座，以加強宗教與學術界的合作和友好往來，並推動宗教倫理研究與中國文化的傳播。
有關中心詳情，請瀏覽網址。
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香港中文大學－北京語言大學漢語語言學與應用語言學聯合研究中心
此中心由香港中文大學與北京語言大學合辦，目的是進一步發展新的研究領域，如語體語法、韻律語法學、三一語法，及將語言學的理論和方法應用至專為以中文為第二語言或第一語言學習者而設的中國語言教學。
中心舉辦多項活動及研究項目，包括教研人員及學生交流、合作性研究、學術資料互換等。
有關中心詳情，請瀏覽網址。
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人間佛教研究中心
2010年，佛光山文教基金會與中大達成「人間佛教研究中心合作協議」，成立人間佛教研究中心。中心原隸屬文化及宗教研究系，並於2014年8月正式成為文學院的研究中心。
中心致力推廣佛教教育、人間佛教研究及佛學研究人才之培育。歷年來舉辦國際學術會議與出版學術期刊，均獲學術界和佛教界的高度評價。
有關中心詳情，請瀏覽網址。
各學系轄下的研究中心及實驗室包括
人類學系
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中國語言及文學系
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文化及宗教研究系
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英文系
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歷史系
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日本研究學系
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語言學及現代語言系
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音樂系
哲學系
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