國家自然科學獎
| 姓名 | 學系 | 詳情 | 獲獎年份 |
| 沈祖堯教授 | 醫學院 | 二等獎(新聞稿) | 2016 |
| 邵啟滿教授 | 統計系 | 二等獎 | 2015 |
| 黃聿教授 | 生物醫學學院 | 二等獎 | 2014 |
| 劉志鋒教授 | 化學系 | 二等獎 | 2012 |
| 黃捷教授 | 機械與自動化工程學系 | 二等獎 | 2010 |
| 鄭漢其教授 | 生物醫學 | 二等獎 | 2009 |
| 夏克青教授 | 物理系 | 二等獎 | 2009 |
| 謝作偉教授 | 化學系 | 二等獎 | 2008 |
| 陳小章教授 | 生理學系 | 二等獎,四等獎 | 2008, 1997 |
| 梁怡教授 | 地理與資源管理學系 | 二等獎 | 2007 |
| 余濟美教授 | 化學系 | 二等獎 | 2005 |
| 盧煜明教授 | 化學病理學系 | 二等獎 | 2005 |
| 吳奇教授 | 化學系 | 二等獎 | 2003 |
| 李東教授 | 訊息工程學系 | 三等獎 | 1999 |
| 黃宜定教授 | 生理學系 | 四等獎 | 1997 |
| 黃乃正教授 | 化學系 | 二等獎 | 1997 |
| 麥松威教授 | 化學系 | 三等獎 | 1995 |
國家科學技術進步獎
| 姓名 | 學系 | 詳情 | 獲獎年份 |
| 莫樹錦教授 | 腫瘤學系 | 二等獎(新聞稿) | 2017 |
| 黃家星教授 | 內科及藥物治療學系 | 二等獎(新聞稿) | 2017 |
| 沈祖堯教授 于君教授 梁巧儀博士 |
消化疾病研究國家重點實驗室（香港中文大學夥伴實驗室） | 創新團隊 | 2016 |
| 司徒卓俊教授 | 內科及藥物治療學系腎臟科 | 一等獎 | 2016 |
| 王毅翔教授 | 影像及介入放射學 | 二等獎 | 2016 |
| 藍輝耀教授 | 醫學院 | 二等獎 | 2016 |
| 彭智培教授 | 眼科及視覺科學 | 二等獎 | 2016 |
| 謝立亞教授 | 賽馬會公共衞生及基層醫療學院 | 二等獎 | 2014 |
| 梁慧康教授 | 內科及藥物治療學系利國偉腦神經學 | 二等獎 | 2014 |
| 沈祖堯教授 | 醫學院 | 二等獎 | 2012, 2007 |
| 于君教授 | 醫學院 | 二等獎 | 2012 |
| 孔祥復教授 | 何鴻燊防治傳染病研究中心 | 一等獎 | 2012 |
| 潘偉生教授 | 外科學系/香港中文大學腦腫瘤中心 | 二等獎 | 2010 |
教育部高等學校科學研究優秀成果獎
| 姓名 | 學系 | 獎項 | 等級 | 獲獎年份 |
| 黎志添教授 | 文化及宗教研究系 | 人文社會科學獎 | 二等獎 | 2020 |
| 黃聿教授、王力博士、駱江云博士 | 生物醫學學院 | 自然科學獎 | 一等獎(新聞稿) | 2019 |
| 謝作偉教授 | 化學系 | 自然科學獎 | 二等獎(新聞稿) | 2019 |
| 梁浩雲醫生 | 內科及藥物治療學系 | 科技進步獎 | 一等獎(新聞稿) | 2019 |
| 姜里文教授、高彩吉博士
蔡易博士 |
生命科學學院 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2017 |
| 黃聿教授、田小雨教授 | 生物醫學學院、生命科學學院 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2017 |
| 黃錦輝教授 | 系統工程與工程管理學系 | 科技進步獎 | 二等獎 | 2017 |
| 王建方教授 | 物理系 | 自然科學獎 | 一等獎(新聞稿) | 2016 |
| 林漢明教授 | 生命科學學院
|
自然科學獎 | 二等獎(新聞稿) | 2016 |
| 田林瑋教授 | 公共衞生及基層醫療學院職業及環境健康學部 | 自然科學獎 | 一等獎 | 2013 |
| 姜里文教授 | 生命科學學院 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2013 |
| 博昂志教授 | 前外科學系整形外科組 | 科技進步獎 | 二等獎 | 2013 |
| 秦嶺教授 | 矯形外科及創傷學系 | 科技進步獎（推廣獎） | 二等獎 | 2013 |
| 沈祖堯教授 于君教授 黃煒燊教授 陳力元教授 |
內科及藥物治療學系 | 科技進步獎 | 一等獎 | 2012 |
| 劉仁保教授 | 物理系 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2012 |
| 朱嘉濠教授 | 生命科學學院 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2012 |
| 王昌凌教授 | 機械與自動化工程學系 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2012 |
| 王毅翔教授 | 影像及介入放射學系 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2012 |
| 黃家星教授 莫仲棠教授 梁慧康教授 陳向燕博士 余俊豪教授 |
內科及藥物治療學系腦神經科 內科及藥物治療學系腦神經科 內科及藥物治療學系腦神經科 內科及藥物治療學系腦神經科 影像及介入放射學系 |
自然科學獎 | 一等獎 | 2011 |
| 王鈞教授 | 機械與自動化工程學系 | 自然科學獎 | 一等獎 | 2011 |
| 余卓文教授 陳日新醫生 林逸賢教授 李沛威教授 張慶教授 房芳教授 |
內科及藥物治療學系心臟科 | 科技進步獎 | 一等獎 | 2011 |
| 陳家亮教授 劉潤皇教授 沈祖堯教授 趙偉仁教授 |
內科及藥物治療學系 外科學系血管外科組 內科及藥物治療學系 外科學系上消化道外科組 |
科技進步獎 | 二等獎 | 2011 |
| 王毅翔教授 梁湛輝教授 |
影像及介入放射學系教授 | 科技進步獎 | 一等獎 | 2011 |
| 魏軍城教授 | 數學系 | 自然科學獎 | 一等獎 | 2011 |
| 于君教授 沈祖堯教授 |
內科及藥物治療學系 | 自然科學獎 | 一等獎 | 2010 |
| 陳振宇教授 黄聿教授 |
生命科學學院 生物醫學學院 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2010 |
| 蒙美玲教授 | 系統工程與工程管理學系 | 科技進步獎 | 一等獎 | 2009 |
| 姜里文教授 | 生物系 | 自然科學獎 | 二等獎 | 2009 |
長江學者成就獎
| 姓名 | 學系 | 獲獎年份及詳情 |
| 陳小章教授 | 生理學系 | 2007年度長江學者成就獎生命科學獎 (新聞稿) |
| 盧煜明教授 | 化學病理學系 | 2006年度長江學者成就獎 (新聞稿) |
| 沈祖堯教授 | 內科及藥物治療學系 | 2005年度長江學者成就獎 (新聞稿) |
青年女科學家獎
| 姓名 | 學系 | 獲獎年份及詳情 |
| 趙慧君教授 | 化學病理學系 | 2012年 (新聞稿) |
科學探索獎
| 姓名 | 學系 | 獲獎年份及詳情 |
| 何旭華教授 | 數學系及數學科學研究所 | 2020年 (新聞稿) |
全國創新爭先獎
| 姓名 | 學系 | 獲獎年份及詳情 |
| 盧煜明教授 | 化學病理學系 | 2020年 |
| 張銘志教授 | 汕頭大學．香港中文大學聯合汕頭國際眼科中心 | 2020年 |
光華工程科技獎
| 姓名 | 學系 | 獲獎年份及詳情 |
| 呂榮聰教授 | 計算機科學與工程學系 | 第十三屆光華工程科技獎（2020年）(新聞稿) |
中國測繪學會 – 測繪科學技術獎
| 姓名 | 學系 | 詳情 | 獲獎年份 |
| 馬培峰博士 | 太空與地球信息科學研究所 | 一等獎 | 2020 |