香港中文大学哲学系历史悠久。早于一九四九年，成员书院新亚书院创办哲学教育系。两年后，崇基学院成立，即开设人生哲学一课，并于一九六三年成立宗教知识及哲学学系，及后易名为哲学及宗教学系。二者皆为中大哲学系的前身。一九七七年，大学改制，两书院之哲学系正式合并，成为中文大学哲学系。
本系早期由知誉于国际、称重于杏檀的前辈学者唐君毅教授、牟宗三教授、劳思光教授等先生主持教务。在他们的辛勤耕耘下，本系得以秉承深厚的中国人文传统，发展成国际公认的中国哲学重镇，其中以新儒学研究的成绩最为显著。
从七十年代开始，本系邀得自北美归来的刘述先教授、何秀煌教授等加入。这一代学者洞悉香港处于东亚的地缘优势，抱着促进中西文化交流的使命感，于罗致人才方面采取相容并蓄的态度，于教学和研究方面，着力于推动中西哲学并重，缔造多元和自由的教研环境。