崇基學院自一九五七年起即以宗教教育及神學訓練等課程為教學之一部份。惟自一九六三年香港中文大學成立後，宗教科訓諫課程之教員薪金，概由政府資助，而基督教教牧人員之訓練，於一九六三年迄六八年間則由本校附屬之崇基神學院辦理。該神學院於一九六八年後即不復存在；其訓練任務已移交本校哲學及宗教學系新設之神學組辦理，而神學組於二〇〇四年八月一日起正式易名為香港中文大學崇基學院神學院，以強化作為唯一設於華人公共大學中的神學教育機構之角色，並以此身份更廣泛地與世界各地的神學院發展合作關係。
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