鑑於五十年代初期香港社會對中文高等教育之需要，崇基學院於一九五一年十月由香港基督教教會代表所創辦，並於一九五五年依照香港政府法例註冊成立。
本校創辦之初，僅有學生六十三人，借用港島聖約翰大禮拜堂及聖保羅男女中學上課。 其後再租賃堅道147號樓房及下亞厘畢道之聖公會霍約瑟紀念堂為校址。此項發展乃得美國之亞洲區基督教高等教育聯合董事會、紐約之嶺南大學基金委員會與英 國倫敦之亞洲基督教大學協會的經濟資助，而告達成者。本港各界人士及教會之經濟支援，亦有增無已。
蒙香港政府在新界馬料水撥贈土地一段，面積共計十英畝，並於其地增建火車站（現名為大學站），本校乃於一九五六年遷至環境優美之新界馬料水村永久校址。本校更大量購買鄰近土地，以為建築運動場及新增校舍之用。
一九六三年，香港中文大學成立，崇基遂成為三成員學院之一。
崇基學生來自香港中文大學的八所學院：文學院、工商管理學院、教育學院、工程學院、法律學院、醫學院、理學院及社會科學院。中大九所成員書院中，只有崇基學院附有音樂及神學課程。
二〇一八／二〇一九年度學院共有學生3,193人，其中男生佔1,469人，女生佔1,724人，學生大多為本港居民，亦有少數學生來自中國大陸或海外各地，並有180名海外交換生於本學院交流。
學生若符合大學入學條件或豁免大學入學條件，可申請入學。
學生之主修科、副修科及選修科，其教學及考試程序，均由各科之大學系會規定（各書院之教員皆為大學各科系會之委員）及經常修訂。
崇基學生除須修畢其學系指定之課程外，尚須修畢下列之共同必修課程：
(一) 綜合基本課程。
(二) 體育課程。
授課採用之語言，為國語、粵語及英語，隨授課教員之選擇。
學生於修習過程中，若能達到就讀學院及學系之要求將獲頒學士學位。
