| 项目 | 伙伴院校／机构 |
| 中国科学院深圳先进技术研究院
1. 光伏太阳能联合实验室 2. 精密工程联合实验室 3. 深港生物材料联合实验室 4. 高密度电子封装材料与器件联合实验室 5. 多媒体技术联合实验室 |
深圳市人民政府、中国科学院 |
| 干细胞与再生医学联合实验室 | 中国科学院广州生物医药与健康研究院 |
| 航天医学骨关节肌肉健康维护联合研究中心 | 中国航天员科研训练中心 |
| 教育部人文社会科学重点研究基地延伸机构－历史人类学研究中心 | 中山大学 |
| 蛋白质研究中心 | |
| 教育部再生医学重点实验室 | 暨南大学 |
| 跨组学创新研究院 | 深圳华大基因研究院 |
| 自动化科学与工程联合研究中心 | 华南理工大学 |
| 合成及天然药物联合研究中心 | 华南师范大学 |
| 联合耳鼻喉－头颈外科培训中心暨显微及内窥镜技术实验室 | 深圳南山医院 |
| 香港中文大学深圳新颖功能分子研究中心 | 北京大学深圳研究生院 |
| 媒体科学、技术与系统联合研究中心 | 清华大学深圳研究生院 |
| 耳鼻咽喉研究所联合研究中心 | 深圳市耳鼻咽喉研究所 |
| 粤港蛋白质研究开发联合实验室 | 广东省医学实验动物中心 |
| 综合业务网理论及关键技术国家重点实验室深圳现代交换与网络编码研究中心 | 西安电子科技大学 |
| 肿瘤生物学国家重点实验室（香港中文大学深圳联合研究基地） | 第四军医大学 |
| 智能互联网实验室（网络与交换技术国家重点实验室香港中文大学深圳联合研究基地） | 北京邮电大学 |