国家自然科学奖
| 姓名 | 学系 | 详情 | 获奖年份 |
| 沈祖尧教授 | 医学院 | 二等奖(新闻稿) | 2016 |
| 邵启满教授 | 统计系 | 二等奖 | 2015 |
| 黄聿教授 | 生物医学学院 | 二等奖 | 2014 |
| 刘志锋教授 | 化学系 | 二等奖 | 2012 |
| 黄捷教授 | 机械与自动化工程学系 | 二等奖 | 2010 |
| 郑汉其教授 | 生物医学 | 二等奖 | 2009 |
| 夏克青教授 | 物理系 | 二等奖 | 2009 |
| 谢作伟教授 | 化学系 | 二等奖 | 2008 |
| 陈小章教授 | 生理学系 | 二等奖,四等奖 | 2008, 1997 |
| 梁怡教授 | 地理与资源管理学系 | 二等奖 | 2007 |
| 余济美教授 | 化学系 | 二等奖 | 2005 |
| 卢煜明教授 | 化学病理学系 | 二等奖 | 2005 |
| 吴奇教授 | 化学系 | 二等奖 | 2003 |
| 李东教授 | 讯息工程学系 | 三等奖 | 1999 |
| 黄宜定教授 | 生理学系 | 四等奖 | 1997 |
| 黄乃正教授 | 化学系 | 二等奖 | 1997 |
| 麦松威教授 | 化学系 | 三等奖 | 1995 |
国家科学技术进步奖
| 姓名 | 学系 | 详情 | 获奖年份 |
| 莫树锦教授 | 肿瘤学系 | 二等奖(新闻稿) | 2017 |
| 黄家星教授 | 内科及药物治疗学系 | 二等奖(新闻稿) | 2017 |
| 沈祖尧教授 于君教授 梁巧仪博士 |
消化疾病研究国家重点实验室（香港中文大学伙伴实验室） | 创新团队 | 2016 |
| 司徒卓俊教授 | 内科及药物治疗学系肾脏科 | 一等奖 | 2016 |
| 王毅翔教授 | 影像及介入放射学 | 二等奖 | 2016 |
| 蓝辉耀教授 | 医学院 | 二等奖 | 2016 |
| 彭智培教授 | 眼科及视觉科学 | 二等奖 | 2016 |
| 谢立亚教授 | 赛马会公共卫生及基层医疗学院 | 二等奖 | 2014 |
| 梁慧康教授 | 内科及药物治疗学系利国伟脑神经学 | 二等奖 | 2014 |
| 沈祖尧教授 | 医学院 | 二等奖 | 2012, 2007 |
| 于君教授 | 医学院 | 二等奖 | 2012 |
| 孔祥复教授 | 何鸿燊防治传染病研究中心 | 一等奖 | 2012 |
| 潘伟生教授 | 外科学系/香港中文大学脑肿瘤中心 | 二等奖 | 2010 |
教育部高等学校科学研究优秀成果奖
| 姓名 | 学系 | 奖项 | 等级 | 获奖年份 |
| 黄聿教授、王力博士、骆江云博士 | 生物医学学院 | 自然科学奖 | 一等奖(新闻稿) | 2019 |
| 谢作伟教授 | 化学系 | 自然科学奖 | 二等奖(新闻稿) | 2019 |
| 梁浩云医生 | 内科及药物治疗学系 | 科技进步奖 | 一等奖(新闻稿) | 2019 |
| 姜里文教授、高彩吉博士、庄小红博士、沈锦波博士、崔勇博士、王向锋博士、蔡易博士 | 生命科学学院 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2017 |
| 黄聿教授、田小雨教授、黄永德教授、陈振宇教授 | 生物医学学院、生命科学学院 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2017 |
| 黄锦辉教授 | 系统工程与工程管理学系 | 科技进步奖 | 二等奖 | 2017 |
| 王建方教授 | 物理系 | 自然科学奖 | 一等奖(新闻稿) | 2016 |
| 林汉明教授 | 生命科学学院
|
自然科学奖 | 二等奖(新闻稿) | 2016 |
| 田林玮教授 | 公共卫生及基层医疗学院职业及环境健康学部 | 自然科学奖 | 一等奖 | 2013 |
| 姜里文教授 | 生命科学学院 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2013 |
| 博昂志教授 | 前外科学系整形外科组 | 科技进步奖 | 二等奖 | 2013 |
| 秦岭教授 | 矫形外科及创伤学系 | 科技进步奖（推广奖） | 二等奖 | 2013 |
| 沈祖尧教授 于君教授 黄炜燊教授 陈力元教授 |
内科及药物治疗学系 | 科技进步奖 | 一等奖 | 2012 |
| 刘仁保教授 | 物理系 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2012 |
| 朱嘉濠教授 | 生命科学学院 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2012 |
| 王昌凌教授 | 机械与自动化工程学系 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2012 |
| 王毅翔教授 | 影像及介入放射学系 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2012 |
| 黄家星教授 莫仲棠教授 梁慧康教授 陈向燕博士 余俊豪教授 |
内科及药物治疗学系脑神经科 内科及药物治疗学系脑神经科 内科及药物治疗学系脑神经科 内科及药物治疗学系脑神经科 影像及介入放射学系 |
自然科学奖 | 一等奖 | 2011 |
| 王钧教授 | 机械与自动化工程学系 | 自然科学奖 | 一等奖 | 2011 |
| 余卓文教授 陈日新医生 林逸贤教授 李沛威教授 张庆教授 房芳教授 |
内科及药物治疗学系心脏科 | 科技进步奖 | 一等奖 | 2011 |
| 陈家亮教授 刘润皇教授 沈祖尧教授 赵伟仁教授 |
内科及药物治疗学系 外科学系血管外科组 内科及药物治疗学系 外科学系上消化道外科组 |
科技进步奖 | 二等奖 | 2011 |
| 王毅翔教授 梁湛辉教授 |
影像及介入放射学系教授 | 科技进步奖 | 一等奖 | 2011 |
| 魏军城教授 | 数学系 | 自然科学奖 | 一等奖 | 2011 |
| 于君教授 沈祖尧教授 |
内科及药物治疗学系 | 自然科学奖 | 一等奖 | 2010 |
| 陈振宇教授 黄聿教授 |
生命科学学院 生物医学学院 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2010 |
| 蒙美玲教授 | 系统工程与工程管理学系 | 科技进步奖 | 一等奖 | 2009 |
| 姜里文教授 | 生物系 | 自然科学奖 | 二等奖 | 2009 |
长江学者成就奖
| 姓名 | 学系 | 获奖年份及详情 |
| 陈小章教授 | 生理学系 | 2007年度长江学者成就奖生命科学奖 (新闻稿) |
| 卢煜明教授 | 化学病理学系 | 2006年度长江学者成就奖 (新闻稿) |
| 沈祖尧教授 | 内科及药物治疗学系 | 2005年度长江学者成就奖 (新闻稿) |
青年女科学家奖
| 姓名 | 学系 | 获奖年份及详情 |
| 赵慧君教授 | 化学病理学系 | 2012年 (新闻稿) |
科学探索奖
| 姓名 | 学系 | 获奖年份及详情 |
| 何旭华教授 | 数学系及数学科学研究所 | 2020年 (新闻稿) |
全国创新争先奖
| 姓名 | 学系 | 获奖年份及详情 |
| 卢煜明教授 | 化学病理学系 | 2020年 |
| 张铭志教授 | 汕头大学．香港中文大学联合汕头国际眼科中心 | 2020年 |
光华工程科技奖
| 姓名 | 学系 | 获奖年份及详情 |
| 吕荣聪教授 | 计算器科学与工程学系 | 第十三届光华工程科技奖（2020年）(新闻稿) |
中国测绘学会 – 测绘科学技术奖
| 姓名 | 学系 | 详情 | 获奖年份 |
| 马培峰博士 | 太空与地球信息科学研究所 | 一等奖 | 2020 |