本院成立至今，竭力以本地关怀出发，汇通中西神学学术，让师生、牧者等接触多元传统，建立全球视野，致力于与国内外学术机构建立常设伙伴及交流平台。
于成立早年，本院已与亚洲地区之神学院，如新加坡三一神学院、台南神学院等，建立了密切的伙伴关系。此外，作为东南亚神学教育协会之会员，并该会东南亚神学研究院香港分院之成员学院，本院与十六个亚洲地区及国家共一百零四所神学训练院校在神学培育上有紧密的合作。自一九九八年，本院开始与缅甸的神学院分享教学资源，透过缅甸神学教育协会（ATEM）及缅甸循道卫理神学院（MTC，获英国循道公会支持），培训缅甸各神学院之老师。
近十年，本院又进一步加强与西方神学院之合作，例如由一九九九年至二〇〇六年，本院与英国牛津之威斯敏特学院（Westminster College）合作提供遥距课程，毕业生获牛津大学颁发神学学士（BTh (Oxon)）。其后威斯敏特学院加盟牛津布鲁克大学（Oxford Brookes University），此课程亦同时提供由该大学颁发之文学士主修神学（荣誉）学位（BA (Hon) in Theology）的课程。于二〇〇四年、二〇〇七年及二〇〇九年，本院分别为美国波士顿安杜化牛顿神学院（Andover Newton Theological School）、美国柏克莱联合神学研究院（Graduate Theological Union, Berkeley）及美国南卫理大学之柏金斯神学院（Perkins School of Theology at Southern Methodist University）提供实地考察课程。自二〇一〇起，本院与耶鲁大学神学院设立交流计划。
以下是本院目前与国内外学术机构之常设伙伴及交流项目：
武汉大学
- 武汉大学（下称「武大」）每学年可选派一名学生到本院交流学习一学期至两学期。
- 本院负责该生在香港所有的学费、住宿费和生活费；
- 为武大宗教学系本科或硕士毕业生，每年可提供文学硕士（基督教研究）名额最多三个，主修圣经研究，其中最少两名研究新约圣经，本院负责三名学生在香港所有的学费、住宿和生活费。该等学生成绩优秀者，可继续在本院或武大攻读更高学位；
- 与武大教师在圣经研究与基督教神学方面进行教学与研究的交流，双方可邀请对方教师参与教学、演讲、研究及出版等工作。
河南大学
- 河南大学可隔年选派圣经研究之博士生来本院，作为期一学期至两学期的研究学习；
- 本院一直在财政上支持《圣经文学研究》并派出老师参与编辑委员会的工作。
韩信大学
The Graduate School of Theology, Hanshin University
- 老师互访及交流；
- 在出版及研究方面合作；
- 为学者互访提供住宿；
- 学生交流学习。
苏黎世大学
University of Zurich
- 促进两校的教师和博士生交流互访；
- 合办学术会议、讲座和研讨会，促进学术交流；
- 发展共同研究计划和其他学术活动，以达致以上目标。
长荣大学神学院
每年双方可派学生作一学期或一学年的交流学习。
英国剑桥神学联盟
Cambridge Theological Federation
英国剑桥神学联盟（Cambridge Theological Federation）与英国Anglia Ruskin University（简称ARU）合办实践神学专业博士课程（Professional Doctorate in Practical Theology），本院是本地的合作单位，提供学习资源和导师，学位由ARU颁发。
杜克大学神学院
Duke University Divinity School
每年双方可派学生作一学期或一学年的交流学习。
亚洲基督教高等教育联合董事会
United Board for Christian Higher Education in Asia
每年为参加「亚洲文化与神学高级研修班（Institute for Advanced Study in Asian Cultures and Theology, IASACT）」的亚洲学者提供住宿及研究资源，并促进他们与本院及本地学者交流。自2014-15年起，本院负责举行此研修班，由亚洲基督教高等教育联合董事会提供经费。
耶鲁大学神学院
Yale Divinity School
- 每年双方可派学生作一学期或一学年的交流学习；
- 亦设有老师的交流计划；
- 本院每年可推荐两至三位博士生参与交流计划（PhD Research Scholar Programme）。